Несмотря на выдающиеся победы, одержанные русскими войсками и флотом в войне с Францией в 1798-1799 гг., вторая коалиция европейских держав, участницей которой являлась Россия, проиграла эту войну. Острые внутренние противоречия привели к распаду коалиции и помешали развитию успехов, достигнутых русским оружием. Противоречия, породившие войну 1798 г., сохранились и еще больше обострились из-за агрессивности французской буржуазии.
В мае 1805 г. Франция была провозглашена империей, а Бонапарт императором Наполеоном I. В том же году Англия и Россия заключили военный союз, положивший начало третьей антифранцузской коалиции. Цель коалиции изгнание французов с захваченных ими территорий, восстановление во Франции власти Бурбонов.
Наполеон спешил осуществить свой план нападения на Англию до того, как коалиция будет готова нанести ему удар на суше. Боевые действия в 1805 г. не принесли коалиции успеха. Наполеон планировал захватить Ионические острова, которые имели большое стратегическое значение, лишить русский флот его базы на Средиземном море и захватить находившиеся в Корфу русские корабли.
Учитывая значение Ионических островов, Россия в январе 1805 г. направила в Корфу эскадру адмирала А. Грейга (два линейных корабля, два фрегата и 6,8 тыс. человек) для усиления русских гарнизонов и флота. В сентябре с той же целью отправилась с Балтийского моря эскадра Д. Сенявина (5 линейных кораблей, фрегат и два вспомогательных судна). Сенявин прибыл в Корфу в январе 1806 г. и активными действиями против французов в течение 1806 г. сорвал их планы по захвату Ионических островов.
Готовясь к войне с четвертой коалицией, Наполеон стал побуждать Турцию начать войну против России и тем самым отвлечь часть русской армии с Европейского театра военных действий.
Для предупреждения нападения Турции на южные границы России русские войска в ноябре - декабре 1806 г. заняли Молдавию и Валахию. 18 декабря 1806 г. Турция объявила войну России. Началась русско-турецкая война 1806-1812 гг.
По стратегическому плану русского командования, главный удар должен был наноситься силами флота. Предполагалось, что эскадра Сенявина вместе с английской эскадрой Дакуэрта с одной стороны и русский Черноморский флот с другой прорвутся к столице Турции - Константинополю и, высадив десант у города, захватят его.
План этот не осуществился. Корабли Черноморского флота не были готовы к выполнению поставленной задачи. Англичане, опасавшиеся усиления русских на Средиземном море, нарушили соглашение о совместных действиях.
Эскадра Сенявина, подойдя в феврале 1807 г. к о. Тенедос в Эгейском море, была вынуждена принять новый план действий. В результате успешного осуществления этого плана Сенявину удалось вызвать турецкий флот из пролива Дарданеллы и 19 июня 1807 г. разбить его в сражении у полуострова Афон.
После подписания Тильзитского мирного договора Сенявин получил приказание прекратить боевые действия, передать французам Ионические острова и вернуться в Балтийское море.
По пути в Балтийское море эскадра (13 линейных кораблей) зашла для ремонта в Лиссабон.
В ноябре 1807 г. русские корабли оказались блокированными английским флотом, так как к этому времени началась англо-русская война 1807-1812 гг. В 1809 г. личный состав эскадры прибыл в Ригу, а корабли были возвращены в 1812 г., после заключения мира. Так закончилась Вторая Архипелагская экспедиция.
