Перед Дунайской флотилией была поставлена задача содействовать войскам при взятии придунайских крепостей противника. В апреле 1809 г. 30 канонерских лодок и баркасов артиллерийским огнем оказали содействие войскам при неудачном штурме крепости Браилов (Брэила; взята после длительной осады 21 ноября). С 20 августа и по 14 сентября 1809 г. отряд судов гребной флотилии участвовал в осаде и штурме армией крепости Измаил. Аналогичную помощь гребные суда оказывали войскам при осаде крепости Силистрия.
В продолжение всей этой войны флотилия наша не только находилась в тесной зависимости от движения сухопутной армии, но и подчинялась главнокомандующему сухопутными силами. Корабельный же флот оказывал гребному флоту только необходимую помощь в пополнении судов, снаряжении их, исправлении повреждений и комплектовании команд.
Когда русская армия под началом контр-адмирала С. А. Пустошкина двигалась в октябре 1806 г. для занятия княжеств Молдавии и Валахии были из Одессы на Днестр отправлены 44 канонерские лодки, три мелких парусных судна и транспорт.
Эта флотилия должна была содействовать сухопутным войскам при взятии крепости Аккерман. Лучшим доказательством успешного действия флотилии были слова, сказанные пашой, сдавшим крепость начальнику наших сухопутных войск герцогу Ришелье: «Не овладеть бы вам Аккерманом, если бы не налетели эти черные вороны», — т. е. суда гребной флотилии.
В декабре того же года главнокомандующий армией генерал Михельсон требовал, чтобы гребная флотилия вошла в Дунай, но совет, собранный главным командиром Черноморского флота маркизом Траверсе, опасаясь в зимнее время года направлять гребную флотилию и тем самым подвергать очевидной опасности, решил передислоцировать ее на Дунай не ранее весны следующего года. На том же основании и суда корабельного флота не вышли в море, а готовились в порту к будущей кампании.
С марта по май 1807 г. наша гребная флотилия, отрядами, начала входить в Дунай, на пути в нескольких местах вступив в перестрелки с береговыми турецкими батареями и оказывая содействие сухопутным войскам при атаке крепостей Тулчи, Исакчи и Измаил. По случаю перемирия с турками, заключенного в середине августа 1807 г., военные действия приостановились и были возобновлены только в марте 1809-го.
Главнокомандующий армией князь Прозоровский, сознавая важное значение гребной флотилии, исходатайствовал сумму, на которую было построено в Галаце 20 канонерских баркасов, 10 понтонов и четыре катера. С этими судами и силами, захваченных у турок, Дунайская флотилия насчитывала 85 судов разных типов: канонерских лодок и бомбардирских баркасов. Из общего числа судов восемь представляли брантвахтеные посты, а прочие — действующую флотилию.
По окончании перемирия и возобновлении военных действий осенью 1809 г. Дунайская флотилия, действовавшая совместно с сухопутной армией, оказывала последней существенную помощь, разрушая неприятельские береговые укрепления, нанося сильные поражения располагавшимся близ берега вражеским лагерям и не допуская турецкие суда в район военных действий. Не менее успешно флотилия содействовала переправе наших войск через Дунай, где ей поручалось наведение и охранение мостов и т. д.; наконец, суда флотилии принимали деятельное участие в атаке и взятии крепостей на берегах Дуная, важнейшими из которых были Измаил и Браилов.
Значительная часть флотилии под началом капитана 2 ранга Попандопуло энергично способствовала взятию Измаила; а при осаде Браилова, продолжавшейся более 50 дней, флотилия, отрезав все пути снабжения крепости водой, активно содействовала сдаче города. Взятые в Измаиле и Браилове турецкие военные суда поступили в состав русской флотилии.
Решительные боевые действия флотилии на Дунае заслужили высокую оценку со стороны высшего сухопутного начальства. Доказательством тому служит письмо М. И. Го- ленищева-Кутузова, бывшего в ту пору помощником главнокомандующего, капитану 1 ранга Акимову, командиру одного из отрядов флотилии, отличавшемуся большой военной предприимчивостью и выказавшему недюжинные способности к морской службе вообще. «Все, что вы ни делаете, — писал между прочим Кутузов Акимову, — все ваши предприятия не иначе приемлю я, как с истинным чувством должного к вам уважения, и могу вас уверить, что и главнокомандующий разделяет, общее со мной мои к вам чувствования».
Дунайская флотилия в 1810 г. содействовала армии при осаде и блокаде крепостей Силистрия и Рущук. Участвуя 26 августа в кровопролитном сражении под Батином, флотилия заставила турецкие суда уклониться от боя, два из них были потопив и пять взяв в плен. Итогом этого сражения была сдача Систова, Журжи, Турно и самого Рущука. 26 июня 1811 г. при взятии Рущука суда флотилии, пройдя под пылающим мостом, забрали все остававшиеся там наши войска и перевезли на другой берег. В июле отряд флотилии под началом того же Акимова поднялся вверх по Дунаю и предал огню город Лом-Палаику, а с ним и значительные хлебные запасы неприятеля; находившаяся там турецкая флотилия в составе 120 судов спаслась бегством в Видин. Акимов, подойдя с 15 судами к стоявшему на берегу турецкому лагерю, нанес ему большой урон. Кроме того, отряд Акимова разгромил три батареи близ Рущука и заставил бежать их прислугу.
После того как была захвачена роскошная ставка великого визиря, расположенная у Рущука, на правом берегу Дуная, а лагерь турецкой армии, находившийся на левом берегу, напротив Рущука, был окружен нашими войсками, Акимов — а это было 3 октября, — поставив флотилию против середины лагеря, открыл по нему сильный огонь, продолжавшийся целый день, а к ночи, приблизившись к берегу, выгнал неприятеля из береговых ретраншементов и, ведя огонь по лагерю из конца в конец ядрами и бомбами, наносил страшный вред укреплениям и не допускал турок возобновлять их укрепления.
В приказе от 7 октября Кутузова, уже ставшего главнокомандующим, было сказано: «Отличное действие флотилии Дунайской, при Рущуке находящейся, обязывает меня, прежде нежели буду иметь честь донести о подвигах ее государю императору, изъявить ей совершенную мою благодарность». 12 октября начались мирные переговоры; флотилия, поставленная в линию поперек Дуная, полностью прервала сообщения неприятеля между обоими берегами реки и окруженной нашими войсками турецкой армией. После заключения мира в ноябре суда флотилии ушли на зимовку в Измаил и Килию.
Русско-турецкая война 1806—1812 гг. закончилась подписанием в Бухаресте в мае 1812 г. мирного договора. Россия приобрела Бессарабию с границей по р. Прут, крепости Аккерман (Белгород-Днестровский), Килию и Измаил, а также получила право свободного плавания по Дунаю.
Взятые в ходе войны крепости Анапа, Суджук-Кале и Поти были возвращены Турции.
На результаты войны с Турцией существенно повлияла международная обстановка, сложившаяся в Европе в связи с наполеоновскими войнами. Участие в них России не позволило полностью реализовать боевые возможности вооруженных сил, в том числе флота, в противоборстве с Турцией.
